教育部體育署108學年度國民小學籃球聯賽，於109年6月16日召開抽籤會議，因各縣市臨時提議「除107學年度前八名列爲種子隊以外，應另將各縣市預賽第一名列入種子隊，並每組不超過兩個種子隊」，現場與會代表表決同意後，大會同意並進行抽籤，抽籤過程公開透明，且當場與會代表無異議完成，但因男子組抽籤過程疏失不慎將桃園忠貞（桃園市預賽第一）、苗栗大同（苗栗縣預賽第一）、宜蘭黎明（宜蘭縣預賽第一）同列一組，大會深感抱歉。
經發現失誤及檢討後，因違反會議中「不得超過三隊種子隊同列一組之決議」，因此主辦單位決定重新辦理男子組抽籤，以示公平原則。
重新召開抽籤會議相關時間、地點如下：
時間：109年06月23日，下午15時30分（星期二）
地點：臺北市南港運動中心5樓社區教室（臺北市南港區玉成街69號）
造成不便，敬請見諒。